Powrócił do kraju w 1868, na stałe zamieszkał w Krakowie gdzie na własny koszt utworzył Muzeum Techniczno-Przemysłowe i został jego dyrektorem. Eksponaty do muzeum zbierał będąc jeszcze za granicą. Podarował miastu ok. 5 tysięcy egzemplarzy okazów związanych z przemysłem, techniką i rolnictwem. Według innego źródła 2 tysiące egzemplarzy. Po jego śmierci część przedmiotów trafiła do powstającego w Krakowie Muzeum Etnograficznego, stanowiąc jego zalążek.
Od 1868 organizował Wyższe Kursy dla Kobiet, które były pierwszą formą kształcenia na poziomie uniwersyteckim, dostępnego dla kobiet, po śmierci Baranieckiego nazwane jego imieniem (Baraneum). Wyprzedzał swoją epokę w myśleniu o kształceniu kobiet. Jak sam mówił:
Dla młodzieży organizował kursy handlowe, a w niedzielnych bezpłatnych wykładach mogli brać udział rzemieślnicy. W 1879 został członkiem Akademii Umiejętności, w 1869 był inicjatorem pierwszego ogólnopolskiego zjazdu lekarzy polskich i przyrodników. Autor prac z zakresu statystyki lekarskiej i antropologii.