Podwyższenie bębnów spowodowało, iż do wnętrza świątyni mogło dostawać się więcej światła, które oświetlało miejsca dotychczas pozostające w cieniu. Ten efekt pozwalał z kolei na wzbogacenie wystroju świątyni poprzez rozszerzenie jej programu ikonograficznego w postaci wielu nowych fresków i mozaik.
Kolejnym elementem charakterystycznym nowego kościoła było przejęcie z cesarskich budowli reprezentacyjnych systemu czterech podpór, w którym kopuła wraz z nasadą (bębnem) opierała się na czterech wysokich kolumnach. System ten pozwalał uzyskać w świątyni więcej wolnej przestrzeni poprzez połączenie naosu (nawy głównej), z nawami bocznymi.
Znaczenie kościoła Jak pisze Ch. Diehl, Nea Ekklesia była dla budownictwa z końca IX wieku tym, czym Hagia Sophia dla architektury VI wieku, czyli "(...) charakterystyczną, typową konstrukcją, która miała służyć za wzór licznym naśladowcom". Choć, jak zauważa Diehl, plan nowej świątyni nie był całkowicie nowatorski (podobnie jak było to w wypadku Kościoła Mądrości Bożej), to jednak poczynając od jego wzniesienia