W XVI wieku podczas walk z Krzyżakami budynki spalono, ale szybko zostały odbudowane. Nie oparły się zniszczeniom również w 1577 gdy Stefan Batory dyscyplinował zbuntowanych gdańszczan. W 1780 zgliszcza zostały usunięte, rozbudowano szpital i urządzono dom starcówJeden z dwu ocalałych [z: "Rodzina", 7/1738/2008, s.4-5].
Parafia Kościoła Polskokatolickiego (do 1951: Polski Narodowy Kościół Katolicki) została zawiązana w 1945, gdy pewnej majowej niedzieli zeszła się tutaj gromadka ludzi, którzy przybyli, by zagospodarować stary polski Gdańsk – a sterczące mury z wypalonymi oczodołami okien doprowadzić do stanu używalności. Ocalałe przy kościele budynki stały się miejscem zamieszkania dla pierwszych pionierów osiedleńców – wyznawców kościoła narodowego. Skupili się oni wokół zniszczonego kościoła. Pierwszym powojennym kapłanem parafii był ks. Roman PowąskaWiadomości z Kościoła Polskokatolickiego [z: "Posłannictwo", 2/23/1954, s.44].
W 2002 staraniami obecnego proboszcza otwarty został (w sąsiedztwie kościoła) Pomnik-Cmentarz Nieistniejących Cmentarzy. Symbol łączący przeszłość z przyszłością, pomnik wielowyznaniowego i wielonarodowego Gdańska.