Trenkler był toruńskim duszpasterzem aż do 1959 r., jednocześnie pozostawał administratorem parafii w Grudziądzu. Jego praca zaowocowała większą dynamiką życia kościelnego. W tym samym okresie, zgodnie z nową ustawą państwową, zbór oficjalnie przyjął nazwę Polskiej Parafii Ewangelicko-Augsburskiej w Toruniu. Do szerzej znanych członków w okresie międzywojennym zaliczali się m.in. Paweł Klimosz (kolejny prezes rady) i Tadeusz Michejda, a także miejscowy przemysłowiec, inż. Jan Broda.
Dzieje po 1945 r. W latach II wojny światowej ks. Trenkler musiał opuścić Pomorze i ukrywał się pod przybranym nazwiskiem w Warszawie. Do Torunia powrócił w maju 1945 r. i wraz z radą parafialną, na której czele stał Paweł Klimosz, przystąpił do budowy materialnej i duchowej bazy parafii. Jako kościół św. Szczepana pozyskano świątynię ewangelicko-reformowaną, a ponadto staroluterski dom parafialny przy ul. Strumykowej 10 z kaplicą, jak również część Cmentarza św. Jerzego. W 1946 ks. Trenkler zyskał godność seniora diecezji pomorsko-wielkopolskiej (i ponownie od wyborów w 1952 r.), a Toruń stał się ośrodkiem, z którego - we współpracy m.in. z Bernardem Otello - podejmowano działania mające na celu odzyskanie majątku kościelnego w innych miejscowościach, w większości zajętego po wojnie przez parafie katolickie. Pod koniec 1945 r.