Na terenie Nadleśnictwa utworzono częściowe, leśne rezerwaty przyrody: koło Goleszowa znajduje się rezerwat cisów Zadni Gaj powierzchni 6 ha, w Marklowicach w Cieszynie utworzono rezerwat Kopce, o powierzchni 14 ha, gdzie przedmiotem ochrony jest wielogatunkowy naturalny drzewostan z dominacją dęba wraz z bardzo bogatym runem leśnym. Osobliwośą rezerwatu jest niewielka roślina zielna - cieszynianka wiosenna (Hacquetia epipactis) z zielono-żółtymi płatkami kwiatowymi, rezerwat Wielka Czantoria zajmuje powierzchnię 98 ha i obejmuje naturalne fragmenty kwaśnej buczyny karpackiej (Luzulo nemorosae - Fagetum) oraz żyznej buczyny karpackiej (Dentario glandulosae - Fagetum) z dużym udziałem jesiona wyniosłego, rezerwat grądowy o nazwie Skarpa Wiślicka (Wiślickie Brzegi) w Wiślicy koło Skoczowa zajmuje powierzchnię 24 ha, rezerwat Haźlaskie Dęby we wsi Hażlach, gdzie przedmiotem ochrony jest starodrzew dębowy,
Lasy Nadleśnictwa to ekosystemy o bogatej florze i faunie.