Wiele płyt nagrobnych miało napisy w języku niemieckim, co przyczyniło się do przyspieszenia likwidacji tych miejsc.
Tereny dawnych cmentarzy przeznaczono pod zabudowę mieszkaniową, budowę dróg, a także na zieleńce i parki miejskie.
W maju 1998 Rada Miasta Gdańska poparła inicjatywę Kaliny Zabuskiej i społecznego komitetu i specjalną uchwałą zaakceptowała pomysł upamiętnienia nieistniejących gdańskich cmentarzy poprzez postawienie pomnika.
Kamień węgielny pod cmentarz został wmurowany 31 października 2000, a pomnik odsłonięto 24 maja 2002 w czasie I Światowego Zjazdu Gdańszczan. Autorami projektu są Hanna Klementowska i Jacek Krenz.
Architektura Forma pomnika-cmentarza kształtem przypomina świątynię. Układ drzew wyznacza coś na kształt nawy głównej oraz naw bocznych. Pomiędzy nimi znajdują się kamienne kolumny w kształcie pni, symbolizujące umierające drzewa. Na szczątkach nagrobków różnych wyznań spoczywa granitowa płyta, tworząca ołtarz ofiarny, a zarazem katafalk.