1 kwietnia 1939 do gminy Wawer przyłączono: część znoszonej gminy Zagóźdź – gromady Las, Zbytki, Zerzeń, Zastów i Nowy Wawer; z gminy Letnisko Falenica – gromady Anin i Międzylesie. Z gminy Wawer wyłączono natomiast: gromady Grzybowa, Zielona, Wola Grzybowska i 101 ha gromady Poligon, które weszły w skład nowo utworzonej gminy Sulejówek; gromadę Kozia Górka, którą przyłączono do gminy Bródno.; gromady Rembertów Stary, Rembertów Nowy, Karolówka, Zygmuntów-Magenta, Mokry Ług, Kawęczyn i Poligon (oprócz obszaru 101 ha), z których utworzono miasto Rembertów..
Pod koniec lat 1930. wyodrębniono nową gromadę Wygoda z części gromady Gocławek.
Podczas II wojny światowej w Generalnym Gubernatorstwie, w dystrykcie warszawskim. W 1943 roku gmina Wawer składała się z 14 gromad i liczyła 23,807 mieszkańców: Anin Nowy (732 mieszkańców), Anin Stary (2130), Gocławek (3062), Las (1081), Międzylesie (2444), Miłosna Stara (1616) Podkaczydół (594), Wawer Nowy (3104), Wawer Stary (4995), Pohulanka (106), Wygoda (1818), Zastów (610), Zbytki (741) i Zerzeń (774).
Po wojnie gmina zachowała przynależność administracyjną.