Jego oddział został następnie wycofany do Niemiec i włączony do SS-Waffengruppe Georgien.
John Shalikashvili urodził się w 1936 roku w Warszawie pod imieniem Jan i tam przeżył II wojnę światową. Po jej zakończeniu wraz z matką, Marią z d. Rüdiger-Bielajewą i rodzeństwem przedostał się do Berlina (według wersji przedstawionej publicznie przez Billa Clintona uciekł przed Armią Czerwoną jeszcze w 1944). Po zwolnieniu ojca z niewoli w 1952 roku rodzina Szalikaszwilich wyemigrowała do Stanów Zjednoczonych, gdzie Dimitri znalazł pracę w koncernie energetycznym , a Maria została zatrudniona jako urzędniczka w . Rodzina osiadła w Peorii w stanie Illinois. John Shalikashvili uczęszczał do lokalnej szkoły, a następnie studiował na Uniwersytecie Bradley. W 1958 uzyskał dyplom inżyniera mechanika. W tym samym roku rodzina uzyskała amerykańskie obywatelstwo. W 1970 uzyskał magisterium w dziedzinie stosunków międzynarodowych na George Washington University.
Kariera wojskowa W lipcu 1958 otrzymał powołanie do służby wojskowej. Rok później ukończył szkołę oficerską i otrzymał awans na podporucznika. Służył w oddziałach artylerii, m.in. na stanowiskach dowódcy plutonu i baterii. W latach 1968–1969 był oficerem sztabowym w Wietnamie.