W 1535 roku doszło do konfliktu pomiędzy Hegendorferem a nowym rektorem Akademii Lubrańskiego, Grzegorzem z Szamotuł – scholastykiem z kręgów Akademii Krakowskiej. Za sprawą nowego rektora 19 lipca 1535 roku kapituła poznańska uznała Hegendorfera za heretyka wydalając go z uczelni i skazując na wygnanie z miasta. Jego dzieła spalono, wpisując część z nich na indeks ksiąg zakazanych. Decyzja spotkała się z oporem środowisk humanistycznych i polskich zwolenników reformacji (w tym wojewody Łukasza II Górki), w których cieszył się wielkim autorytetem i Hegendorfer został ponownie siłą wprowadzony do uczelni. Zimą 1535 opuścił jednak ostatecznie Poznań powracając do Niemiec.
W 1536 roku ukończył studia prawnicze uzyskując doktorat we Frankfurcie nad Odrą. W roku 1539 na zlecenie rady miejskiej Rostocku próbował przeprowadzić reformę uniwersytetu, jednak bez powodzenia, wskutek oporu uczelni. Zmarł podczas pobytu w Lüneburgu, gdzie już w roku 1537 był syndykiem miejskim i w 1539 został powołany na urząd superintendenta, jako jedna z ofiar zarazy.