W 1795 r. otrzymał stanowisko podsekretarza ds. wojny. Rok później uzyskał miejsce w Izbie Gmin jako reprezentant okręgu Morpeth, ale początkowo brał niewielki udział w debatach parlamentarnych. 6 kwietnia 1799 poślubił Emily Milbanke, ale nie doczekał się potomstwa. W 1800 r. odziedziczył majątek swojego wuja, dr Gema. W 1801 r. zrezygnował ze stanowiska po upadku gabinetu Pitta. Rok później bez powodzenia startował w wyborach w okręgu Dover, po czym wycofał się z czynnego życia publicznego.
Powrócił w 1804 r. wygrywając wybory uzupełniające w okręgu Liskeard. Po powrocie Pitta do władzy w tym samym roku, Huskisson został sekretarzem skarbu i pozostał na tym stanowisku do śmierci Pitta w 1806 roku. W 1807 Huskisson zmienił okręg na Harwich. Kiedy premierem został książę Portland powrócił na stanowisko sekretarza skarbu, ale utracił to stanowisko w 1809. Rok później opublikował pamflet na brytyjski system walutowy. W 1812 r. ponownie zmienił okręg wyborczy, tym razem na Chichester.