Tradycja funkcjonowania kościoła w Kostrzynie jest znacznie starsza, sięga średniowiecza. Pierwszy kościół w Kostrzynie mógł zostać wzniesiony na przełomie XI/ XII wieku. W ciągu kilku wieków, obecny kościół kostrzyńskie był wielokrotnie niszczony i odbudowywany. Szczególnie trudne warunki miały miejsce w drugiej połowie XVII i pierwszej połowie XVIII wieku. W generalnym zarysie kościół przetrwał do naszych czasów, z wyjątkiem wieży, która znajdowała się w zachodniej części budowliParafia pod wezwaniem Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Kostrzynie, … s.38.. W latach 1793– 1918, kościół, parafia i miasto Kostrzyn znalazły się pod panowaniem pruskim (z wyjątkiem okresu 1807-1815, kiedy należał do Księstwa Warszawskiego). W latach 1918–1939, kościół przechodził liczne remonty. Od września 1939 do stycznia 1945 roku kościół został zamknięty przez hitlerowców i zamieniony na magazyn. Po wyzwoleniu, w styczniu 1945, kościół został ponownie otwarty.