Prezydent Tadżykistanu 6 listopada 1994 Rahmonow został wybrany prezydentem, natomiast zaprzysiężony 16 listopada tego samego roku. We wczesnym okresie władzy walczył z islamistycznymi, zbrojnymi ruchami opozycyjnymi wspieranymi przez zagranicznych dżihadystów, w tym; Al-KaidęInside Al Qaeda: global network of terror, by Rohan Gunaratna, s. 169., Islamską Republikę Afganistanu, talibówLena Jonson Tajikistan in the New Central Asia: Geopolitics, Great Power Rivalry and s. 96. 2006. 978-1845112936., a także uzbeckich islamistów. Opozycja na czele z Islamską Partią Tadżykistanu domagała się utworzenia w Tadżykistanie państwa islamskiego, a następnie jego przemianę w kalifat rozciągnięty na całą Azję Środkowąhttps://web.archive.org/web/20180715094412/http://www.understandingwar.org/tajikistan-and-afghanistan „hile the IMU still seeks to topple the Uzbek government, it now also wants to establish an Islamic Caliphate that spans Central Asia.”.. Wojna zakończyła się zwycięstwem sił rządowych i podpisaniem porozumienia pokojowego w 1997 roku.