W tym samym roku zdobył w Mariborze złoty medal drużynowych mistrzostw Europy juniorów do 18 lat. W 2013 roku wystąpił w rozegranym w Tromsø turnieju o Puchar Świata, w I rundzie przegrywając z Wasylem Iwanczukiem oraz zajął VIII miejsce w mistrzostwach świata juniorów do 20 lat, rozegranych w Kocaeli. W 2014 zdobył w Warszawie brązowy medal indywidualnych mistrzostw Polski mężczyzn oraz zajął IV miejsce w mistrzostwach świata juniorów do 20 lat w Pune, natomiast we Wrocławiu zdobył srebrny medal mistrzostw Europy w szachach błyskawicznych oraz złoty – mistrzostw Europy w szachach szybkich.
Reprezentował Polskę w turniejach drużynowych, m.in. , i , zdobywając wspólnie z drużyną złoty medal.
Pierwszym trenerem Jana-Krzysztofa Dudy był Andrzej Irlik, kolejnym – Leszek Ostrowski. Współpracował również z Kamilem Mitoniem i Jerzym Kostro.
1 lipca 2017 roku został pierwszym polskim juniorem, który przekroczył barierę 2700 punktów. Najwyższy ranking w swojej dotychczasowej karierze osiągnął w grudniu 2021 roku, a z wynikiem 2760 punktów zajmował 1. miejsce wśród polskich szachistów, 13. miejsce na światowej liście Międzynarodowej Federacji Szachowej i 2.