Gorączka miała zdaniem Plötnera doprowadzić do naturalnego samowyleczenia. W konsekwencji szereg więźniów zarażonych przez Plötnera zmarło.
Po aresztowaniu Raschera przejął kierownictwo "Stacji R".
Od lata 1944 Plötner pracował w Instytucie Wojskowych Badań Planowych, wykonując serię eksperymentów na ludziach, związanych z testowaniem działania przeciwkrwotocznego m.in. "Polygalu" (środka żelującego do marmolady o znikomej przydatności w razie zranienia) - celem badań było znalezienie "środka zasklepiającego rany na polu bitwy". Prowadził także na 5 skazanych na śmierć więźniach Sachsenhausen badania poświęcone skuteczności zabijania ludzi przez środek bojowy (żrąco-palący) "N-Stoff" (trifluorek chloru). Był też przydzielony do pomocy Beiglböckowi eksperymentującemu z wodą morską. Poszukiwał eliksiru prawdy, którym miała być podawana wytypowanym więźniom meskalina (uzyskiwane "zeznania", niewątpliwie pełne chemicznie wywołanych wizji, musiały być bezużyteczne). "Badania" te, mające znamiona przestępstw a pozbawione głębszej wartości naukowej (wynik ich był łatwy do przewidzenia zaś eksperymentalne potwierdzenie zbędne) prowadzone były pod egidą organizacji nazistowskich "naukowców" Ahnenerbe.