Zakon w efekcie przekształcał się w organizację bardziej rycerską, elitarną, choć posługa chorym i utrzymywanie szpitali dalej były jego istotnymi zajęciami. Ekspansja reformacji – jak i inne zawieruchy dziejowe – doprowadziły w wieku XV w. do pogorszenia kondycji i stanu liczebnego zakonu.
Bulla wydana w 1489 przez papieża Innocentego VIII nakazywała przyłączenie lazarytów do joannitów. Lazaryci z włoskiej Kapui zgodzili się podlegać wielkim mistrzom joannitów, jednak gałąź podległa magistratowi w Boigny (za zgodą wielkiego mistrza joannitów) bulli nie uznała. Tą drogą zakon utrzymał niezależność i własności we Francji, Hiszpanii, Szwajcarii, Anglii, Dalmacji i na Węgrzech. W 1517 Leon X unieważnił postanowienia bulli unifikacyjnej z joannitami. Przywrócił tym samym włoską gałąź rycerzy zakonu. Tymczasem w 1557 francuska część zakonu św. Łazarza podporządkowała się joannitom na zasadzie utrzymania wewnętrznej niezależności i samodzielnej nazwy św. Łazarza. Od tego czasu, przez następne 47 lat każdorazowy wielki mistrz zakonu św. Łazarza wywodził się z zakonu św. Jana. Lazaryci uzyskali w ten sposób silnego i niezależnego protektora. W tych czasach praktycznie wszędzie poza Francją i Italią bractwo to przestało istnieć.