W 2022, po rosyjskiej inwazji na Ukrainę, sankcjami objęty został również jego syn, Denis Aleksandrowicz Bortnikow.

Krytyka W grudniu 2017 grupa ponad 30 naukowców i profesorów związanych z Rosyjską Akademią Nauk, w liście otwartym opublikowanym przez „Kommiersant”, skrytykowała Aleksandra Bortnikowa za wywiad udzielony przez niego i opublikowany w dzienniku „Rossijskaja Gazieta”, z okazji 100-lecia powstania Czeka, w której szef FSB, zdaniem naukowców, uzasadnia represje stalinowskie. Historyk Nikita Pietrow nazwał wywiad Bortnikowa nihilizmem prawnym.

Ordery, odznaczenia i nagrody Order Świętego Jerzego IV klasy Order „Za zasługi dla Ojczyzny” I klasy Order „Za zasługi dla Ojczyzny” II klasy Order „Za zasługi dla Ojczyzny” III klasy Order „Za zasługi dla Ojczyzny” IV klasy Order Aleksandra Newskiego Order „Za zasługi wojskowe” Order Honoru Order Przyjaźni Honorowy Dyplom Rządu Federacji Rosyjskiej (2006)Распоряжение Правительства Российской Федерации от 15 ноября 2006 г.