Pod koniec XVII wieku patronem parafii został Archanioł Michał.
W latach 1891–1901 zbudowano obecny kościół parafialny.
W 2005 z części parafii św. Michała Archanioła wydzielono nową parafię pw. Miłosierdzia Bożego.
29 września w wspomnienie św. Archanioła Michała kościół parafialny został ustanowiony dekretem ks. abp. Marka Jędraszewskiego sanktuarium diecezjalnym św. Michała Archanioła.
Proboszczowie i administratorzy parafii mszańskiej ks. Mathias de Jasło, 1536–1570 ks. Rafał Czachurowski, 1570–1593 ks. Rafał Rzuchowski, 1593–1595 ks. Grzegorz Maciej, 1595–1600 ks. Szymon Choryński, 1600–1602 ks. Jan Frączkowicz, 1602–1612 ks. Jan Skrobkiewicz ks. Jan Rakowski ks. Gabriel Morenda ks. Jakub Górski, 1622–1642 ks. Jan Bełza, 1642–1683 ks. Stanisław Jodłowski, 17 kwietnia 1684–1710 ks. Józef Jordan, 1710–1718 ks. Andrzej Budziński, 1718–1750 ks. Marcin Sławski, 1750–1757 ks. Józef Mazurkiewicz, 8 października 1757–1802 ks. Kwiryn Domaradzki, 1802–1821 ks. Ignacy Bielański, 1823–1830 ks. Jakub Urbanek, 1835–1874 ks. Jan Borowski, 1874–1878 ks. prałat Wincenty Jankowski,1878–29 stycznia 1917 ks. Jan Zięba, styczeń 1917–maj 1917 ks. Józef Stabrawa, 1 czerwca 1917–1941 ks. Piotr Wykurz, administrator: 1941–1942 ks. infułat Teofil Skalski, 26 września 1942 – 12 kwietnia 1958 ks.