II wojna światowa W 1939 r., po wybuchu II wojny światowej, Scobie w stopniu brygadiera był zastępcą dyrektora ds. mobilizacji w Biurze Wojennym. Następnie pełnił funkcję adiutanta generała w Kwaterze Głównej Sił Lądowych Bliskiego Wschodu w 1940 r., zanim otrzymał dowództwo 70 Dywizji Piechoty, która została wysłana do Afryki Północnej w celu odciążenia australijskiej 9 Dywizji Piechoty walczącej w oblężonym Tobruku. Scobie dowodził obroną portu od 22 października 1941 r. do 13 grudnia 1941 r., kiedy w ramach operacji Crusader 70 Dywizja Piechoty poprowadziła wyrwanie się wojsk alianckich z pierścienia okrążenia Tobruku, co zakończyło wielomiesięczną bitwę o miasto. W 1942 r. został dowódcą sił alianckich na Malcie, a 22 marca 1943 r. awansował na generała porucznika i został szefem sztabu generalnego w Kwaterze Głównej Bliskiego Wschodu. 11 grudnia 1943 r. otrzymał dowództwo III Korpusu, który został wysłany do Grecji w celu wyparcia okupacyjnych wojsk niemieckich (Operacja Manna), ale ostatecznie zaangażował się w pierwszy etap wojny domowej w Grecji, wspierając oddziały rojalistyczne w walce przeciwko republikańskiej, lewicowej partyzantce ELAS.