W 1963 Pieczerski wystąpił jako świadek w procesie jedenastu ukraińskich strażników z Sobiboru (wszyscy otrzymali wyroki śmierci). Zmarł w wieku 81 lat w Rostowie nad Donem, gdzie został pochowany na cmentarzu Północnym.
Do końca życia pozostał nieznanym bohaterem. O jego sobiborskim wyczynie mało kto wiedział i zdawał sobie sprawę z jego znaczeniaWspomniany szkic Antokolskiego i Kawierinowa został zakazany przez cenzurę w 1947, a „Czarna księga” i głośny film „Ucieczka z Sobiboru” nigdy nie ukazały się w ZSRR.. Zbrodnia w Sobiborze była jednym z wątków procesu zbrodniarzy hitlerowskich w Norymberdze, a sam Pieczerski został powołany na świadka, jednak nie uzyskał zgody władz ZSRR na wyjazd. Podobnie było też w przypadku amerykańskiej premiery filmu „Ucieczka z Sobiboru” w 1987 roku.
Pamięć Za udział w powstaniu w Sobiborze Pieczerski nigdy nie otrzymał żadnej nagrody w ZSRR ani Rosji. Dopiero w 2007 roku na ścianie domu, w którym mieszkał w Rostowie nad Donem, odsłonięto poświęconą mu tablicę pamiątkową. Jego imieniem nazwano ulicę w mieście Safed w Izraelu i stelę w Bostonie. W filmie z 1987 roku Ucieczka z Sobiboru jego postać grał Rutger Hauer (film i aktor otrzymali Złote Globy). Natomiast w 2018 r.