Według niektórych teorii Zatoką Botnicką może być opisane przez Ottara z Hålogaland w IX wieku Morze Kwen (Kven Sea; inne teorie łączą je z Zatoką Fińską i Oceanem Arktycznym). Z zatoką łączy się też niekiedy użytą w XV wieku przez duńskiego geografa Claudiusa Clavusa nazwę Mare Gotticus.
Historia Zatoka nie była znana starożytnym i średniowiecznym geografom i nie została wskazana na mapie duńskiego kartografa Claudiusa Clavusa z 1427 r., ani na mapie Hartmanna Schedla wydrukowanej w 1493 r. Pierwsza mapa, na której wytyczono zatokę, choć bez podania nazwy, należy do Nikolausa Germanusa z 1482 r.Erkki Fredrikson: Suomi 500 aunat Euroopan kartalla. Gummerus, 2005. Strony 12-16,
Geografia Długość akwenu wynosi 725 km, szerokość waha się od 80 do 240 km. Powierzchnia wynosi 117 000 km². Najbardziej na północ wysuniętym punktem jest szwedzka wieś Töre.
Zatoka dzieli się na dwa rejony: Botnik Północny o średniej głębokości 42 m i największej 141 m Botnik Południowy (zwany też Morzem Botnickim, Komisja Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Rzeczypospolitej Polskiej, 2008) o średniej głębokości 62 m i maksymalnej 294 m.
Zbiorniki te są oddzielone od siebie cieśniną Kvarken Północny o szerokości około 80 km.