W 2001 grupa była celem ataku mediów amerykańskich w związku z szeregiem zatruć wąglikiem w USA (po angielsku Anthrax to właśnie wąglik). Zespół próbowano zmusić do zmiany nazwy, ale muzycy tego nie zrobili.
Przed nagraniem kolejnego albumu w 2002 do zespołu dołączył stały gitarzysta: Rob Caggiano. Pod koniec 2002 Anthrax ponownie wszedł do studia nagrań i rozpoczął pracę nad wydaną w 2003 płytą pt. We’ve Come For You All. W kwietniu 2004 zespół opuścił basista Frank Bello, przechodząc do odradzającego się zespołu Helmet. Na jego miejsce (początkowo tylko na trasę, ostatecznie na stałe) został zaangażowany Joey Vera, przyjaciel Johna Busha z Armored Saint. 5 sierpnia 2004 podczas trasy koncertowej promującej nowy album zespół wystąpił w warszawskim klubie Proxima. Jeszcze w trakcie trasy koncertowej na rynek trafiło koncertowe DVD i album pod tytułem Music of Mass Destruction – Live from Chicago, a w listopadzie 2004 ukazał się studyjny album pt. Greater of Two Evils (wydany w USA przez Sanctuary). Album zawiera przearanżowane wersje utworów wydanych w czasach gdy wokalistą Anthraksu nie był jeszcze John Bush.