Od marca 1783 do lipca 1784, już jako drugi kapitan, uczestniczył na fregacie Asunción w drugim rejsie na Filipiny, płynąc tą samą drogą co wcześniej. W 1785 roku został mianowany porucznikiem w Kompanii Handlowej Guardiamarinas Kadyks. Od września 1786 do maja 1788 Malaspina trudnił się handlem z ramienia Królewskiej Kampanii Filipińskiej. Po raz pierwszy podróż na Filipiny odbył w jedną stronę tradycyjną trasą. Powrót nastąpił przez przylądek Horn.
Ekspedycja w latach 1789–1794 We wrześniu 1788 roku Malaspina związał się z José de Bustamante y Guerra, z którym wspólnie postanowił zorganizować wyprawę naukowo-polityczną, mającą na celu odwiedzenie prawie wszystkich hiszpańskich posiadłości w Ameryce i Azji. Król Hiszpanii Karol III zaaprobował wyprawę.
Do celów wyprawy postanowiono zbudować dwa nowe statki – korwety. Zadania tego podjęła się stocznia w La Carraca i budowniczy statków Tomas Muñoz. Statki otrzymały nazwy Descubierta i Atrevida na cześć wypraw Jamesa Cooka. Statki miały wyporność 306 ton, 36 metrów długości, zostały zwodowane 8 kwietnia 1789 rokuCutter, Donald C. (1991). Malaspina & Galiano: Spanish Voyages to the Northwest Coast, 1791 & 1792. University of Washington Press, p. 3. ..