Pod wpływem prac Gilly’ego Schinkel postanowił zostać architektem i bardzo wcześnie zajął się rysunkiem.
Studia W 1798 Schinkel stał się uczniem Friedricha Gilly’ego i jego ojca Davida, z którymi się zaprzyjaźnił. Wraz z Friedrichem Gillym założył biuro architektoniczne Privatgesellschaft junger Architekten. Od 1798 uczęszczał do ich prywatnej szkoły budownictwa w Berlinie, gdzie podobnie jak inni studenci zamieszkał. W 1799, jako jeden z pierwszych studentów, podjął studia w nowo powstałej Berlińskiej Akademii Budownictwa, której współzałożycielem był David Gilly i gdzie obydwoje Gilly’owie wykładali. Studia zorientowane były na zajęcia praktyczne, jedynie zimą oferowano wykłady, lato studenci spędzali na budowach. Ponadto Schinkel uczestniczył w wykładach Akademii Sztuk Pięknych (niem. Akademie der Schönen Künste).
Nie wiadomo dokładnie, jak długo studiował. Jego nazwisko zniknęło z list studentów w 1800. Schinkel był jednak jednym z pierwszych, którzy złożyli egzaminy do służby państwowej, zdobywając tytuł kierownika budowy (niem. Bauleiter). Pozwoliło mu to na samodzielne prowadzenie budów. 3 sierpnia 1800 zmarł na gruźlicę w wieku 28 lat Friedrich Gilly, który swoje wszystkie rozpoczęte projekty zostawił do ukończenia Schinklowi.