Wrażenia z podróży Schinkel opisał w swoich dziennikach, listach i szkicach.
W 1830, po śmierci , Schinkel objął dyrekcję berlińskiego urzędu budowlanego (niem. Oberbaudirektor), a w 1838 powierzono mu stanowisko dyrektora generalnego pruskiego urzędu budownictwa (niem. Oberlandesbaudirektor).
Choroba i śmierć thumb|Nagrobek Karla Friedricha Schinkla na cmentarzu Friedhof der Dorotheenstädtischen und Friedrichswerderschen Gemeinden Pierwsze problemy ze zdrowiem (najprawdopodobniej w wyniku przepracowania) wystąpiły w 1824, a od 1828 Schinkel zmuszony był do odbywania regularnych kuracji, które jednak przynosiły jedynie krótkotrwałe polepszenie jego stanu zdrowia.
Pod koniec lat 30. XIX w. Schinkel zapadł na zdrowiu. We wrześniu 1840 przeszedł udar mózgu, po którym był prawostronnie sparaliżowany, cierpiał na zaburzenia mowy, a następnie zapadł w śpiączkę, z której się nigdy nie obudził. Zmarł 9 października 1841 w swoim mieszkaniu służbowym w berlińskiej Akademii Budownictwa. Przeprowadzona obdukcja jako przyczynę udaru wykazała zaawansowaną miażdżycę tętnic mózgowych.
Schinkel został pochowany jako zasłużony dla miasta Berlina na cmentarzu Friedhof der Dorotheenstädtischen und Friedrichswerderschen Gemeinden w kwaterze CAL G1.