W listopadowym meczu przeciwko Sheriffowi Tyraspol zdobył natomiast swoje pierwsze bramki – dwukrotnie pokonał bramkarza rywali, Stanislava Namașco.
W maju 2010 Stoch powrócił do Chelsea i w ośrodku treningowym przeszedł badania medyczne. 10 czerwca 2010 podpisał czteroletni kontrakt z tureckim Fenerbahçe SK.
W 2012 roku zdobył dwie bramki w meczu ligowym przeciwko Genclerbirligi (6:1). Pierwsze z trafień autorstwa Miroslava Stocha zostało nominowane do nagrody im. Ferenca Puskasa, którą FIFA przyznaje za najpiękniejsze trafienie w roku kalendarzowym.
7 stycznia 2013 roku podczas gali w Zurychu, Miroslav Stoch odebrał statuetkę za zwycięstwo we wspomnianym plebiscycie.
W 2013 roku Stoch został wypożyczony do PAOK FC, a w 2014 roku do Al-Ain FC.
W sierpniu 2020 roku Stoch rozwiązał umowę z PAOK FC, a w 2021 podpisał umowę i został zawodnikiem Zagłębie Lubin. W polskiej ekstraklasie zadebiutował 5 lutego 2021, zmieniając Dejana Dražicia w 74. minucie bezbramkowego meczu z Lechem w Poznaniu. 18 maja 2021 odszedł z Zagłębia, rozgrywając wcześniej 8 meczów w ekstraklasie i jeden w Pucharze Polski.
22 września 2021 podpisał roczny kontrakt ze Slovanem Liberec, który wygasł wraz z końcem sezonu 2021/2022.