Autobusy szynowe budowane przez spółkę były problematyczne w serwisowaniu, co w połączeniu z pogarszającą się sytuacją finansową przedsiębiorstwa doprowadziło je do bankructwa. W maju 2005 pracownicy, którzy ostatnie wynagrodzenie otrzymali za luty 2005, rozpoczęli akcję strajkową, co opóźniło dostawy produkowanych wówczas 2 pojazdów dla województwa lubuskiego i 2 dla podlaskiego. W połowie lipca 2005 władze spółki podpisały przedwstępną umowę sprzedaży 11% akcji lubińskiej spółce Sigma, która ponadto zakupiła 25% akcji należących do państwa, a następnie uzyskała pakiet większościowy i jeszcze w tym samym roku przejęła ZNTK. Mimo zmiany właściciela sytuacja przedsiębiorstwa nie uległa poprawie. W wyniku zaległości w wypłacaniu pensji pracownikom, zakłady utraciły możliwość startowania w przetargach, za to ich oferta została poszerzona o modernizacje używanych pojazdów szynowych oraz budowę lokomotyw. W grudniu 2005 ZNTK zaprezentowały projekt zmodernizowanej lokomotywy ET42M, która w przyszłości miała być wykonywana we współpracy z z Tbilisi.