Pomimo to Jan już od 1586 korzystał z dóbr przypisanych włocławskiej sufraganii (m.in. Lubomin i Iżyce, należące do kanonikatu kruszwickiego) i tytułował się sufraganem. Po kilku latach doszło do konfliktu pomiędzy nim a biskupem Hieronimem. Jan Rozdrażewski odmawiał przyjęcia święceń biskupich i przyjęcia na siebie części obowiązków w diecezji, toteż Hieronim zażądał odeń zwrotu dóbr związanych z sufraganią i wytoczył mu w 1593 proces w tej sprawie. Jan starał się o poparcie w tym sporze u szlachty wielkopolskiej, w tym także – z powodzeniem – u innego swego kuzyna Jana Rozdrażewskiego (kasztelana poznańskiego, skądinąd protestanta). Spór trwał cztery lata, wreszcie doszło do ugody przypieczętowanej 1 czerwca 1597 listem Hieronima do papieża Klemensa VIII, w którym prosił on o potwierdzenie nowego kandydata na stanowisko "zwolnione dobrowolnie" – jak wynika z listu – przez Jana Rozdrażewskiego.
Majątek zdołał zgromadzić dość znaczny; oprócz mniejszych lub większych kwot na utrzymanie lub rozbudowę różnych instytucji i budowli (np. 150 złp rocznie dla dominikanów poznańskich;