W połowie lat 90. stronnictwo uczestniczyło w nieefektywnych inicjatywach łączenia rozbitej prawicy, w tym w ramach Sekretariatu Ugrupowań Centroprawicowych i Konwentu Świętej Katarzyny. W wyborach prezydenckich w 1995 wsparło kandydaturę Hanny Gronkiewicz-Waltz. W 1996 chadecy przystąpili do Akcji Wyborczej Solidarność, uzyskując rok później z jej list jeden mandat poselski (dla Witolda Nieduszyńskiego z listy ogólnopolskiej).
Partia przerejestrowała się w 1998 zgodnie z wymogami nowej ustawy. W 2000 przyłączyła się do niej marginalna Koalicja Ludowo-Niepodległościowa pod przewodnictwem Zbigniewa Wrzesińskiego. Na czele wspólnej formacji pod nową nazwą Stronnictwo Pracy (SP) stanął Andrzej Owsiński. W 2001 SP nawiązało współpracę z Prawem i Sprawiedliwością. Witold Nieduszyński pod koniec III kadencji zasiadał w klubie poselskim PiS (wcześniej wewnątrz AWS działał w zespole Przymierza Prawicy), a w wyborach parlamentarnych w 2001 członkowie stronnictwa startowali z list PiS (z wyjątkiem Stefana Pastuszewskiego kandydującego z listy AWSP i Zbigniewa Faca startującego z listy LPR). Żaden z przedstawicieli SP nie uzyskał mandatu. Partię wykreślono z ewidencji 20 września 2002, ponownie wpisano 7 września 2004. Jej nowym prezesem został Zbigniew Wrzesiński.