Marii i Georga Dietrichów Międzynarodowe Centrum Edukacyjne w Braniewie Międzynarodowe Centrum Kształcenia Ustawicznego w Ostródzie Stacja Dydaktyczno-Badawcza z siedzibą w Bałdach Stacja Dydaktyczno-Badawcza z siedzibą w Łężanach
Jednostki środowiskowe Ośrodek Eksploatacji i Zarządzania Miejską Siecią Komputerową OLMAN
Jednostki niepubliczne afiliowane jako sekcje Wydziału Teologii Wyższe Seminarium Duchowne Metropolii Warmińskiej Hosianum Wyższe Seminarium Duchowne w Elblągu Wyższe Seminarium Duchowne w Ełku Misyjne Seminarium Duchowne Księży Werbistów w Pieniężnie
Pozostałe jednostki Międzynarodowe Centrum Biznesu i Administracji Publicznej Autoryzowane Centrum Szkolenia CAD Akademia Regionalna CISCO
Organizacje, stowarzyszenia i inne Na Uniwersytecie działa około 220 kół naukowych.
Uczelnia posiada wiele agend kulturalnych i sportowych, najbardziej znane to: Teatr Studencki Cezar, Chór im. prof. Wiktora Wawrzyczka, Zespół Pieśni i Tańca „Kortowo”, Akademicki Klub Turystyczny (działający od 1961 r.), Akademicki Klub Płetwonurków „Skorpena”, Studencka Agencja Fotograficzna „Jamnik” oraz Studenckie Koło Naukowe „Myszki”.