Podczas reformacji Paderborn był silnym ośrodkiem katolicyzmu.
Podczas wojny trzydziestoletniej (1618–1648) katedra została znacznie zniszczona. Wnętrze zostało splądrowane przez protestancką armię szwedzką, od roku 1650 rozpoczęto odbudowę świątyni w duchu barokowym. Zachowano romańsko-gotycka zewnętrzną bryłę świątyni, natomiast wnętrze otrzymało nowy wystrój, którego część zachowała się do dziś. W 1895 r. architekt Arnold Güldenpfennig dokonał gruntownej konserwacji świątyni. Usunięto wewnątrz barokową dekorację architektoniczną odsłaniając romańsko-gotyckie formy. Od roku 1920 świątynia posiada godność archikatedry. Pierwszym arcybiskupem został Kaspar Klein (1920–1941). W 1945 pod koniec II wojny światowej katedra była trzykrotnie niszczona: 7 stycznia, 22 i 27 marca. W latach 1947–1949 pod opieką proboszcza katedry Paula Simona i jego następcy Josepha Brockmanna katedrę pieczołowicie odbudowano. Gotycki ołtarz główny przeniesiono do chóru zachodniego. Dnia 22 czerwca 1996 Ojciec Święty Jan Paweł II odwiedził katedrę w Paderborn, ponadto odprawił w niej uroczystą mszę świętą, w której uczestniczyli także przedstawiciele Kościołów innych wyznań.