Problemy z dopingiem W 1969 Eddy Merckx został wykluczony z Giro d’Italia z powodu podejrzeń o stosowanie dopingu. Ze łzami w oczach tłumaczył się prasie i zapewniał o swojej niewinności. Do dziś dnia utrzymuje, że został oszukany przez lekarzy przeprowadzających testy. Twierdzi, że nie było prób kontrolnych, nie wzięto pod uwagę też opinii innych biegłych, poza tym uważał, że był znienawidzony przez wielu zagranicznych kibiców. Potem mówił jeszcze, że etap, na którym rzekomo miał brać niedozwolone środki był bardzo łatwy, więc nie było nawet potrzeby stosowania „dopalaczy”. Po szybko przeprowadzonym dochodzeniu mógł jednak wystartować jeszcze w tym samym roku w Tour de France. Do dziś uważa to zwycięstwo w Tourze za jedno ze swoich najcenniejszych zwycięstw w karierze.
Merckx z zaangażowaniem potępia doping, który jest stale gorącym tematem w świecie zawodowego kolarstwa, uważa jednak, że kolarstwo jest pod tym względem niesprawiedliwie traktowane w porównaniu do innych dyscyplin sportu. Jest zdania, że istnieje sporna kwestia, właściwie nie do rozwiązania, między stale rosnącym zapotrzebowaniem na coraz lepsze wyniki a sportem wolnym od dopingu. W latach 90. stał się bliskim przyjacielem Lance’a Armstronga i wspierał go, kiedy ten był podejrzany o stosowanie środków niedozwolonych.