Wszyscy biskupi koptyjscy są członkami Świętego Synodu.
Biskupi koptyjscy wybierani są spośród mnichów i zobowiązani są do celibatu. Bezżeństwo nie obowiązuje diakonów i prezbiterów.
Liturgia Kościół koptyjski należy do aleksandryjskiej tradycji liturgicznej. Sprawuje się w nim trzy rodzaje obrządków: Liturgię św. Bazylego z Cezarei, Liturgię św. Grzegorza z Nazjanzu i Liturgię św. Cyryla z Aleksandrii. Najczęściej liturgia odprawiana jest według Liturgii św. Bazylego.
W Egipcie zwyczajem jest celebrowanie świętej liturgii dwa razy w tygodniu, w niedzielę i w piątek. Zawsze poprzedza ją jutrznia. Liturgia odprawiana jest za ikonostasem przez kapłana w zwykłych szatach mniszych, złożonych z sutanny i nakrycia głowy w formie wyszywanego kaptura. Szatą liturgiczną księdza jest wyłącznie biały haftowany sticharion z motywami krzyża.
Podczas nabożeństwa uczestniczący w nim wierni zdejmują obuwie. Kobiety podczas Liturgii zakładają na głowę białe chusty. Charakterystyczne dla Kościoła koptyjskiego jest, że na zakończenie liturgii kapłan po udzieleniu błogosławieństwa kropi zebranych święconą wodą.