Tajne załączniki tego traktatu przewidywały współpracę Gestapo i NKWD w zwalczaniu polskich organizacji niepodległościowych głosząc: „Obie strony nie będą tolerować na swych terytoriach jakiejkolwiek polskiej propagandy, która dotyczy terytoriów drugiej strony. Będą one tłumić na swych terytoriach wszelkie zaczątki takiej propagandy i informować się wzajemnie w odniesieniu do odpowiednich środków w tym celu.” Stało się to podstawą do współpracy policji oraz sił bezpieczeństwa obu okupantów, przybierając formę czterech tematycznych konferencji, które odbyły się w latach 1939–1941 w Brześciu, Przemyślu, Zakopanem oraz Krakowie.
Historia współpracy Informacja Tadeusza Komorowskiego – komendanta Krakowsko-Śląskiego Obszaru Związku Walki ZbrojnejTadeusz Komorowski, Armia Podziemna, Londyn 1970, t. 1, s. 174.:
Niemieccy narodowi socjaliści współpracowali z radzieckim NKWD w dziele eksterminacji narodu polskiego. Wyrazem daleko posuniętej kooperacji były wspólne konferencje Gestapo i NKWD.
Pierwsza z nich miała miejsce w Brześciu nad Bugiem 27 listopada 1939 roku. Jej tematem przewodnim były metody zwalczania w zarodku przez obu okupantów konspiracji niepodległościowej.