Kościół zgodnie z dawnym zwyczajem jest orientowany, tzn. jest zwrócony ołtarzem głównym na wschód. Świątynia została wybudowana w stylu późnogotyckim, o czym świadczą nieco spłaszczone sklepienia krzyżowo-żebrowe i gwiaździste o kolistych zwornikach. Świątynia w dawnych czasach była kolegiatą. O jej erygowanie zabiegał Adam Sędziwój Czarnkowski. Po jego śmierci Katarzyna z Leszczyńskich Czarnkowska wraz z synem Franciszkiem Kazimierzem Sędziwojem zwróciła się z prośbą do biskupa poznańskiego, Adama Nowodworskiego, aby kościół wynieść do rzędu kolegiat. Dnia 19 stycznia 1632 roku kościół parafialny stał się kolegiatą. Odtąd pracowało przy nim sześciu duchownych: pierwszy proboszcz – ks. Jan Skierzewski, kustosz, który był zarazem kaznodzieją oraz czterech kanoników. Wszyscy ci duchowni tworzyli kapitułę kolegiacką. Przywilejów kolegiaty używał kościół czarnkowski przez dwa wieki do dnia 16 lipca 1821 roku, kiedy to papież Pius VII Bullą „De Salute Animarum” /O Zbawieniu Dusz/ postanowił, że kolegiata stała się ponownie kościołem parafialnym. Po wyniesieniu kościoła do rzędu kolegiat, została dobudowana Kaplica Biczowania Pana Jezusa, której fundatorką była Zofia z Herbertów Czarnkowska. Kaplica została poświęcona w 1634 roku. Z fundacji Mikołaja i Anny Swiniarskich została dobudowana kaplica św.