Słaba frekwencja na demonstracjach skłoniła kierownictwo grupy do zmiany kierunku działań na bardziej radykalne.
W listopadzie 1969 roku przywódcy organizacji zdecydowali o przejściu do podziemia i rozpoczęciu działalności jako „miejska partyzantka”. Na początku 1970 roku organizacja podzieliła się na komórki, zwane też „plemionami“. Jedna komórka liczyła od 3 do 5 osób. Komórki podlegały kierownictwu organizacji znanemu jako Weather Bureau. Komórki zlokalizowane były głównie w Berkeley, Chicago, Detroit i Nowym Jorku.
6 marca 1970 roku trójka członków Weather Underground zginęła w przypadkowej eksplozji w piwnicy domu na Greenwich Village. Piwnica służyła radykałom jako miejsce produkcji bomb domowej roboty. Ładunki, które eksplodowały, miały zostać użyte do zamachu bombowego w Fort Dix na przyjęciu zorganizowanym dla funkcjonariuszy policji.
We wrześniu 1970 roku aktywiści uwolnili z więzienia San Luis Obispo Timothy'ego Leary'ego, uchodzącego za ikonę kontrkultury. Weathersi przerzucili następnie Leary'ego do Algierii, gdzie działacz zyskał schronienie.
1 marca 1971 roku terroryści zdetonowali dwie bomby w Kapitolu Stanów Zjednoczonych. Atak stanowił wyraz protestu wobec interwencji amerykańskiej w LaosieJarosław Tomasiewicz: Terroryzm na tle przemocy politycznej (Zarys encyklopedyczny), Katowice 2000, s.