Wybuch powstania na Morawach zaniepokoił dwór cesarski w Wiedniu. Ferdynand II Habsburg wysłał w zapalne rejony kolejne wojska, które stoczyły potyczki z powstańcami pod Zwoleniem, Sasovem, Hlohovcami oraz Vrablovem. W sierpniu w ręce powstańców wpadła Trnawa. Nie udało się jednak zdobyć Preszburga, którego oblężenie powstańcy prowadzili nieudolnie. Na początku września na wieść o zbliżających się oddziałach cesarskich, Bethlen nakazał odwrót.
Pod koniec roku w szeregach wojsk powstańczych panowało rozprężenie i brak dyscypliny. Dnia 11 października pod Uherskim Hradištěm nastąpiła koncentracja wojsk cesarskich. Siły te liczyły 12 000 ludzi wobec 20 000 powstańców, z których większość znajdowała się po drugiej stronie rzeki Morawy. Wojska Albrechta von Wallensteina przejęły inicjatywę strategiczną, wypierając armię powstańczą z Moraw. 12 listopada 1621 r. pod Ołomuńcem doszło do decydującej bitwy zakończonej zwycięstwem wojsk cesarskich. Z powodu braku żywności część oddziałów powstańczych wycofała się w głąb Moraw, inni ruszyli na Śląsk. Walki ustały z końcem roku. 31 grudnia 1621 roku Bethlen zawarł kompromis z wysłannikami cesarza w Mikulovie, a 6 stycznia 1622 pod traktatem pokojowym złożył swój podpis Ferdynand II Habsburg.