We wrześniu 1938 roku, po śmierci profesora Konstantego Hrynakowskiego, szefa Katedry Chemii Farmaceutycznej, Rada Oddziału Farmaceutycznego powierzyła Adamanisowi kierownictwo tej katedry.
II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej, 10 listopada 1939 roku, został aresztowany brat Adamanisa, Feliks (po kilkudniowym pobycie w Forcie VII w Poznaniu prawdopodobnie został rozstrzelany przez Niemców w którymś z pobliskich lasów). W nocy z 20 na 21 kwietnia 1940 został aresztowany sam Franciszek Adamanis, którego przewieziono do Domu Żołnierza (ówczesnej siedziby Gestapo w Poznaniu), a następnie do Fortu VII (21–25 kwietnia 1940), skąd trafił do KL Dachau, w którym więziony był do 6 czerwca 1940 roku.
Pierwszą wiadomość od Adamanisa jego żona otrzymała w lipcu 1940 roku. Była to pocztówka, na której po niemiecku było napisane: Znajduję się w obozie koncentracyjnym w Mauthausen-Gusen, mój adres: Franz Adamanis N5068, geb 4-X-1900 StGeorgen a/d Gusen Oberdonau, Block 16 Stube A’. Po miesiącu dostała kolejny list, który był początkiem stałej korespondencji. Adamanis w obozie przebywał od 6 czerwca 1940 do 5 maja 1945 roku, pracując m.in. w kamieniołomach i przy budowie bocznicy kolejowej z St.