W 1933 roku został członkiem wspierającym SS (förderndes Mitglied der SS)Ernst Klee: Das Personenlexikon zum Dritten Reich. Wer war was vor und nach 1945. Frankfurt am Main: Fischer Taschenbuch Verlag, 2005, s. 339. W tym samym roku podpisał list profesorów niemieckich uniwersytetów i szkół wyższych popierający Adolfa Hitlera. Był sędzią tzw. sądów zdrowia dziedzicznego (Erbgesundheitsgericht) w Marburgu i Kassel. Opowiadał się za sterylizacją ludzi „ułomnych umysłowo”. W 1940 roku zwiedził centrum eutanazji w Bernburgu (Tötungsanstalt Bernburg), a w 1941 roku wziął udział w posiedzeniu rady doradczej akcji T4.
W 1956 roku otrzymał, razem z Ludwigiem Binswangerem, Złoty Medal Kraepelina, przyznawany przez Deutsche Forschungsanstalt für Psychiatrie za wybitne osiągnięcia w psychiatrii.
Żonaty z Luise Pregizer. Mieli trzech synów, Wolfgang Kretschmer (ur. 1918) również został psychiatrą.
Dorobek naukowy W 1921 roku opublikował monografię Körperbau und Charakter (Budowa ciała i charakter) w której przedstawił teorię, według której typ budowy ciała wiąże się z osobowością i predyspozycją do zaburzeń psychicznych. W Polsce zainspirowany był nią m.in.