Od 1988 do ogłoszenia niepodległości w 1991 r. W 1988 roku rozpoczęły się zamieszki na tle etnicznym (m.in. Masakra w Sumgaicie), a następnie otwarty konflikt między Armeńską SRR a Azerbejdżańską SRR.
W 1988 r. powstał Ludowy Front Azerbejdżanu, będący początkowo organizacją akceptowaną przez władze komunistyczne na fali pieriestrojki i głasnosti, następnie mającą charakter masowego ruchu opozycyjnego wobec władzy radzieckiej. W styczniu 1990 w czasie manifestacji Frontu głoszone były coraz bardziej radykalne hasła antyrządowe, w tym wezwania do siłowego obalenia rządu Komunistycznej Partii Azerbejdżanu. 13 stycznia 1990 wiec Frontu w Baku zmienił się w antyormiański pogrom. W pogromie Ormian zginęło od 66 do 86 osób, zaś 200-300 zostało rannych.
W kolejnych dniach co bardziej radykalni działacze Frontu otwarcie wzywali do wysiedlenia Ormian z Azerbejdżańskiej SRR, a kierownictwo organizacji nie potrafiło panować nad tymi wystąpieniami.