Po ponownej okupacji sowieckiej i zakończeniu II wojny światowej, władze ZSRR przeprowadziły przymusową kolektywizację rolnictwa. Do 1951 skolektywizowano ponad 95% estońskich gospodarstw, pozostałe do połowy lat 50. Do 1953 działały, podobnie jak w innych państwach bałtyckich, oddziały niepodległościowej i antykomunistycznej partyzantki określanej jako Leśni Bracia. W 1944 Rada Najwyższa ZSRR dokonała zmiany granicy między Estońską SRR a RFSRR, włączając Iwangorod (część Narwy) do RFSRR.
W sierpniu 1991 roku Estonia opuściła ZSRR (deklaracja suwerenności wydana została już w 1988 roku) i została uznana przez społeczność międzynarodową za niepodległe państwo. Okres Estońskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej uznano po 1991 roku jako prawnie niebyły i okupację oraz wrócono do uregulowań prawnych (konstytucja, kwestie obywatelstwa) z 1938 roku„On 30 March 1990 the Estonian Supreme Soviet passed the Act on the Status of the Estonian State (Eesti riiklikust staatusest).