Przy uregulowanej na nowo ulicy w latach 1901-02 pod numerami 1 i 3 wzniesiono dwie trzypiętrowe kamienice dla Karola Raczyńskiego; rok później kończąc poszerzanie ulicy rozebrano kamienice jubilera Krystiana Karollego od strony ulicy Długiej. Na ich miejscu wzniesiono dla Raczyńskich dwa nowe czteropiętrowe domy, zniszczone potem podczas okupacji; jeden z nich, pod nr. 5, zajął parcelę u zbiegu z ul. Wąską.
Równocześnie ułożono drugi tor dla tramwajów, jednak skasowano go już po kilku latach; od roku 1907 w ich miejsce ulicą Miodową kursowały nowoczesne tramwaje elektryczne. W roku 1917 Wąskiej nadano obecną nazwę - Jana Kilińskiego; miało to uzasadnienie, ponieważ bohater Insurekcji Warszawskiej mieszkał niegdyś w pobliżu (przy ul. Szeroki Dunaj 5).
Rok 1939 nie przyniósł zniszczeń w zabudowie ulicy. 24 stycznia 1944 w czasie łapanki hitlerowcy rozstrzelali przy Kilińskiego około 50 osób. Tragicznym epizodem z dni powstania jest wybuch czołgu-pułapki, przejętego przez powstańców na placu Zamkowym; w wyniku jego eksplozji zginęło około 300 powstańców i cywilów, a kolejnych kilkaset odniosło rany, zaś zabudowa ulicy została w znacznym stopniu uszkodzona.