30 sierpnia 1939 roku, tuż przed wybuchem II wojny światowej, zawieszono działalność sportową. Po zajęciu Mościc przez Niemców hala sportowa stała się obozem jenieckim dla polskich żołnierzy wziętych do niewoli. Wielu mościckich działaczy sportowych i sportowców zostało aresztowanych przez gestapo i wywiezionych do Auschwitz; spora grupa działała w szeregach ruchu oporu. W czasie okupacji nowy stadion został zniszczony.
Działalność TS „Mościce” wznowiono 29 marca 1945 roku. Pod koniec 1945 roku patronat nad klubem objęło przedsiębiorstwo Zakłady Azotowe. Odbudowano zniszczone obiekty sportowe. W 1949 roku w klubie działało 10 sekcji sportowych. W 1950 roku utworzono w Polsce 11 zrzeszeń sportowych, TS „Mościce” jako przyzakładowy klub zakładów chemicznych trafił do Zrzeszenia Sportowego Związku Zawodowego „Chemik" i zmienił nazwę na Zakładowy Klub Sportowy „Unia”. W latach 50. XX wieku stopniowo odradzały się kolejne sekcje, w kulminacyjnym momencie w klubie istniało 16 sekcji, m.in. szermierki. Pod koniec 1956 roku z inicjatywy zawodników sekcji motorowej powstała sekcja żużlowa, w późniejszych latach żużel stał się najbardziej popularnym sportem w mieście. W 1969 roku wybudowano stadion lekkoatletyczny, nieco później kompleks basenów.