Ostatnie miesiące W dniu 20 października 1793 La Rochejaquelein zastąpił ciężko rannego pod Cholet generała d’Elbée na stanowisku głównodowodzącego Wielkiej Armii Katolickiej i Królewskiej. Jednak jego odwaga nie wystarczyła, by zrekompensować brak doświadczenia oraz zdolności strategicznych. 12 listopada na czele swojej armii wyruszył w kierunku Granville, zajął Avranches. Nie zdołał jednak zdobyć Granville i musiał wycofać się do Angers w celu przekroczenia Loary. Republikańscy dowódcy: François Séverin Marceau, Jean-Baptiste Kléber i François-Joseph Westermann ruszyli w pościg za Wandejczykami, pokonując ich 12 grudnia pod Le Mans i ponownie – lecz z bardziej dotkliwymi skutkami – 23 grudnia pod Savenay. Ewakuując się za Loarę La Rochejaquelein zdołał ocalić resztki swojej armii. Ustąpił ze stanowiska pod presją krytyki ze strony swoich towarzyszy.
Zginął z rąk republikańskiego żołnierza w pobliżu Nuaillé, prowadząc walkę partyzancką przeciwko wojskom rządowym. W chwili śmierci miał 22 lata. Jego brat Louis został w roku 1813 przywódcą