Jego rozprawa doktorska Folie et déraison. Histoire de la folie à l'âge classique (Szaleństwo i nierozum. Historia szaleństwa w dobie klasycyzmu) przedłożona do publikacji w renomowanym wydawnictwie Gallimarda została przez redaktorów odrzucona. Gdy ukazała się w końcu nakładem wydawnictwa Plon, została bardzo dobrze przyjęta – pochlebne recenzje napisali m.in. Roland Barthes, Michel Serres i czołowy przedstawiciel historycznej szkoły „Annales” Fernand Braudel. Była to pierwsza znacząca książka Foucaulta, napisana w większości podczas pobytu w Szwecji. Przedmiotem studiów są w niej idee, praktyki, instytucje, sztuka i literatura związana z szaleństwem w historii Zachodu. Foucault rozpoczyna swoją historię w Średniowieczu, zwracając uwagę na społeczne i fizyczne wykluczenie trędowatych. Dowodzi, że wraz ze stopniowym zanikiem trądu, jego miejsce zajęło szaleństwo. Statek głupców z XV stulecia stanowi literacką wersję jednej z takich praktyk wykluczania – mianowicie wysyłanie szaleńców w morze. W XVII-wiecznej Europie, w ruchu, który Foucault nazwał Wielkim Uwięzieniem, członkowie populacji „pozbawieni rozumu” byli zamykani i instytucjonalizowani. W XVIII stuleciu zaczęto traktować szaleństwo jako przeciwieństwo Rozsądku, i ostatecznie w XIX wieku jako chorobę psychiczną.