Ojciec chciał, by – jak on i dziadek, który także był chirurgiem – został lekarzem.
Po ukończeniu jezuickiego kolegium Saint-Stanislas w Poitiers (lata nauki przypadały na okres II wojny światowej – Poitiers znajdowało się początkowo w strefie Vichy, później trafiło pod jurysdykcję niemiecką) w 1946 roku wstąpił do renomowanej paryskiej École Normale Supérieure – w ten sposób wstąpił na klasyczną we Francji drogę kariery akademickiej w naukach humanistycznych. Na lata te przypadają dłuższe okresy poważnej depresji oraz próby samobójcze.
Być może to pod wpływem psychiatry, doktora Gaillot, Foucault zainteresował się psychologią. Studia psychologiczne podjął już po uzyskaniu licencjatu z filozofii – ukończył je w 1947 roku (miał zatem dyplomy z filozofii, psychologii oraz psychopatologii). Foucault-filozof był uczniem Louisa Althussera; Foucault-psycholog był uczniem Ludwiga Binswangera. W 1949 roku ukończył studia obroną pracy Konstytucja transcendentalności historycznej w Heglowskiej „Fenomenologii ducha”.