22 czerwca 1963 cerkiew oficjalnie przekazano w użytkowanie reaktywowanejParafia prawosławna w Komańczy istniała w XVI w. w 1962 r. parafii prawosławnej.
W latach 1965–1970 przeprowadzono gruntowny remont świątyni. Załatano ubytki w ścianach oraz odremontowano fundamenty. W latach 1983–1985 przeprowadzono prace konserwatorskie ikonostasu i polichromii. W 1991 r. podczas włamania do cerkwi skradziona została najcenniejsza ikona – „Bogarodzica z Dzieciątkiem”, wykonana techniką olejną na blasze. Kolejne prace remontowe i zabezpieczające wykonano w okresie 1993–1995. 22 lipca 2001 w czasie wichury cerkiew uszkodziło padające drzewo. Dzięki dotacji firmy Ford naprawiono dach.
13 września 2006 cerkiew wraz z wyposażeniem spłonęła, strażakom udało się uratować jedynie zabytkową dzwonnicę. 14 września 2006 (następnego dnia po pożarze) prawosławny arcybiskup przemyski i nowosądecki Adam (Dubec) zapowiedział jej odbudowę w kształcie sprzed pożaru i 14 października 2008 celebrował w nowej cerkwi liturgię (cerkiew w stanie surowym bez okien i podłogi, bez ikonostasu i polichromii). Potrzebne do odbudowy cerkwi 240 m³ drewna jodłowego przekazały w formie darowizny Lasy Państwowe.