Działalność propagandowa ZJ wydawał wiele pism konspiracyjnych, wśród których główną rolę odgrywał „Szaniec”. Konspiracyjną działalność wydawniczą ZJ znacznie osłabiło wykrycie przez Niemców 17 czerwca 1942 r. głównej siedziby drukarni Wydziału Oświatowo-Wychowawczego KG ZJ w Warszawie na Powiślu przy ul. Przemysłowej 28 (w pomieszczeniach kotłowni Fabryki Siatek Drucianych) oraz magazynu materiałów propagandowych, w którym znajdowało się wówczas ok. 10 tys. plakatów, liczne broszury i prasa, a także kilkaset listów z ostrzeżeniami do urzędników i policji niemieckiej. Drukarnia działała od marca 1940 r., a na jej czele stał Włodzimierz Chojnacki ps. „Koza”.
Działalność wywiadowcza Związek Jaszczurczy prowadził bardzo szeroką działalność wywiadowczą, zwłaszcza w zakresie wywiadu wojskowego, komunikacyjnego i przemysłowego. Najbardziej aktywny był Wydział „Zachód” w Oddziale II KG ZJ, którym kierował por. rez. Stanisław Jeute ps. „Cezary”, „Wilk”. Tereny zachodniej Polski i samej Rzeszy Niemieckiej zostały podzielone na okręgi i pokryte gęstą siatką placówek wywiadowczych. Okręgi te to: Berlin, Brandenburgia, Śląsk, Monachium i Bawaria, Westfalia i Zagłębie Ruhry, Hamburg i Brema, Pomorze Wschodnie z Królewcem i Pomorze Zachodnie oraz Gdańsk. Na ziemiach włączonych do Rzeszy aktywne były ośrodki w Gdyni, Starogardzie Gdańskim, Poznaniu, Włocławku, Łodzi, Gnieźnie, Bydgoszczy i Żninie.