Pozycja filogenetyczna Prestosuchidae nie jest jasna – bywają one niekiedy klasyfikowane wewnątrz rodziny Rauisuchidae, jednak inne analizy kladystyczne umieszczają je poza rzędem Rauisuchia, jako bazalnych przedstawicieli kladu Suchia. Paul Sereno definiuje Prestosuchidae jako najszerszy klad obejmujący Prestosuchus chiniquensis, ale nie Rauisuchus tiradentes, Aetosaurus ferratus, Poposaurus gracilis i Crocodylus niloticus.
Filogeneza Kladogram Rauisuchiformes z zaznaczeniem pozycji Prestosuchidae przy założeniu, że Prestosuchidae należą do Rauisuchia Rauisuchiformes |--Rauisuchia | |--Ornithosuchidae | `--+--Prestosuchidae | | |--Saurosuchus | | `--+--Ticinosuchus | | `--Batrachotomus | `--Rauisuchidae `--Suchia
Uproszczony kladogram Suchia z zaznaczeniem pozycji Prestosuchidae przy założeniu, że Prestosuchidae są bazalnymi przedstawicielami Suchia o Suchia Krebs, 1976 [1974?] sensu Parrish, 1993 |--o †Prestosuchidae Romer, 1966 sensu Parrish, 1993 `--o Rauisuchiformes Huene, 1942 sensu Parrish, 1993 |--+?- †Revueltosaurus callenderi Hunt, 1989 [?w tym †Krzyzanowskisaurus hunti (Heckert, 2002) Heckert, 2005 | `-- †Aetosauria Lydekker, 1889 `--o Rauisuchia Huene, 1942 [non Bonaparte, 1982] sensu Parrish,