W Kolonii drużynie KSV Waregem nie udało się sprawić niespodzianki – FC Köln wygrał wysoko 4:0 i praktycznie zapewnił sobie awans. U siebie KSV Waregem z trudem zremisował 3:3.
W sezonie 1987/88 nawet dość odległe 6 miejsce w lidze dało prawo drużynie KSV Waregem wystartować w Pucharze UEFA w sezonie 1988/89. Pierwszym przeciwnikiem była norweska drużyna Molde FK. Na wyjeździe był bezbramkowy remis, za to u siebie drużyna belgijska wygrała wysoko 5:1. W następnej rundzie KSV Waregem trafił na bardzo silnego reprezentanta NRD, klub Dynamo Drezno. Pierwszy mecz w Dreźnie klub z Belgii przegrał aż 1:4. W rewanżu u siebie drużyna belgijska po zdobyciu drugiej bramki w 47 minucie była już bliska awansu, jednak kilka minut później piłkarze Dynama zdobyli bramkę, która podłamała zespół gospodarzy. Ostatecznie mecz wygrał KSV Waregem, ale tylko 2:1, co w efekcie dało awans rywalom.
Trzecie miejsce w lidze w sezonie 1992/93 było ostatnim poważnym osiągnięciem klubu na arenie krajowej. Pozwoliło ono także na występ w Pucharze UEFA w sezonie 1993/94. Ostatni występ klubu na arenie międzynarodowej był jednocześnie najmniej udanym.