Nazwa Nazwa miasta upamiętnia Arthura Wellesleya, zwycięzcę bitwy pod Waterloo i pochodzi od jego tytułu – pierwszego księcia Wellington. Tytuł dotyczy zaś angielskiego miasta Wellington usytuowanego w brytyjskim hrabstwie Somerset.
W języku maoryskim Wellington nazywany jest trojako. Nazwa odwołuje się do Portu morskiego w Wellington i oznacza dosłownie „Wielki port Tara”. Druga nazwa – to skrót od zwrotu Port Nick i oznacza maoryskie miejsce kultu (z ). Nawiązuje do niej również nazwa maoryskiego obchodu, zwanego Ngāti Pōneke. Ostatnia nazwa to , oznaczająca dosłownie „Król ryb Māui” (ang. ; maor. ). Ta ostatnia nazwa jest powszechnie używana w celu określenia południowego wybrzeża Wyspy Północnej (związane jest to z legendą o maoryskim bożku Māui, który podobno zwykł łowić ryby na wybrzeżu wyspy).
Miasto jest również nierzadko nazywane Portową Stolicą (ang. ), Wellywood i, dziś już rzadziej, Wietrznym Miastem (ang. ).